Шинэ засгийн газар 13 яам, 27 агентлагтайгаар үйл ажиллагаа явуулахаар болсон. Өмнөх засгийн үеийн 27 агентлагийн тоо өөрчлөгдөөгүй ч 10 тохируулагч, 17 хэрэгжүүлэгч агентлагийн зохион байгуулалтын хүрээнд нэлээд өөрчлөлт явагдана. Тухайлбал, шинээр дөрвөн агентлаг байгуулж, зарим яамдын болон татан буулгасан агентлагийн хариуцаж байсан чиг үүргийг шилжүүлсэн бөгөөд дөрвөн агентлаг татан буулгаж холбогдох чиг үүргүүдийг шинээр байгуулах болон бусад агентлагуудад бүхлээр нь болон хуваан шилжүүлсэн. Нэгтгэх, хуваах замаар нийт таван агентлагийг агентлаг болгосон билээ. Үндсэндээ агентлагууд бүхэлдээ бүтцийн өөрчлөлтөд орж байгаа юм.
Яамдын тухайд Гадаад харилцаа, Сангийн, Эрчим хүч, Батлан хамгаалах, Барилга хот байгуулалт, Зам тээврийн яам зэрэг зургаан нэгж нь өөрчлөгдөөгүй. Нэр нь өөрчллөгдөж, чиг үүрэг нь нэмэгдсэн байдлаар долоон яам эмхлэн байгуулагдаж байна. Яамдын дэд сайд нар сонгогдож, агентлагуудын даргын түр орлон гүйцэтгэгч нар тодорсон. Үүнтэй зэрэгцээд бүтцийн өөрчлөлтөд орж буй яам, агентлагуудын ажилчид өнгөрсөн долдугаарын сарын 10-наас хойш цалин аваагүй байгаа аж. Учир нь, Сангийн яамнаас бүтцийн өөрчлөлт хийгдэж буй байгууллагуудын Төрийн сангийн дансыг хаасан байна. Эдгээр төрийн байгууллагуудын ажилчдын цалин хэдийд буух талаар Сангийн яамны төлбөр тооцооны хэлтсийн ажилтнаас тодруулахад “Төрийн албан хаагчдын цалин хэвийн олгогдоод явж байна. Харин бүтцийн өөрчлөлтөд орж байгаа яам, агентлагийн ажилчдын цалин олголт түр зогссон байгаа. Хэдийнээс орж эхлэхийг удирдлагууд мэднэ. Одоогоор бидэнд ямар нэгэн чиг ирээгүй байна” гэсэн аж.
